Fue la última catedral gótica española del siglo XVI. La antigua catedral fue quemada en 1.521, por los comuneros para atacar mejor el Alcazar solo se pudo salvar el claustro, la silleria, alguna vidriera y esculturas varias.
La primera piedra de la nueva catedral se puso en junio de 1.525 siendo J.Gil de Hontañon su arquitecto, el cual también realizó la catedral de Salamanca de la que es gemela, la obra la continuo García de Cubillas y tras el Rodrigo de Hontañon (hijo del iniciador de la obra). En 1.615 Juan Mugaguren cerraba las últimas bóvedas del crucero. Por escritura de 1.524 se obligó a trasladar a la nueva catedral el claustro de la antigua y se realizó piedra a piedra quedando una reconstrucción perfecta, también se reutilizaron partes de la silleria antigua.
Vista desde la cabecera, es muy bella la linea de su abside lleno de ventanales, contrafuertes, agujas, cresterias, pináculos y arbotantes; la airosa cúpula y la esbelta torre, cupulada también. En tan importante masa se adivinan las tres naves principales, crucera y girola de que se compone su planta de cruz latina con brazos cortos.
La fachada principal es demasiado severa, de triple puerta, correspondiendo al acceso de las tres naves con puertas de sencillo arco trebolado con parteluz la central de mayor vano.
En el ángulo izquierdo del templo se levanta la torre de 15 metros de lado. Se adorna de arquerias ciegas es sus cinco cuerpos superiores y estriados contrafuertes terminados en pináculos, como los cuatro angulares de la terraza, de calado antepecho, entre los que se alza una cámara octógona cobierta de cúpula, cuya linterna se eleva a 88 metros de altura, habiendo llegado a los 105 antes del incendio ocasionado por un rayo en 1.614, cuando fue la torre más alta de España. En su cámara superior cuelgan 11 campanas en sus ocho ventanales.
La fachada norte de la catedral, frente a la plaza mayor es más vistosa y esta adornada con botareles, escudos, cornisas y cresterias. La puerta dedicada a San Frutos es de un correcto clasicismo tardio. En total la catedral cuenta con 18 capillas.

He ido dos veces a esta bella catedral, la primera estaba en periodo de limpieza y restauración y de verdad que era como una montaña rusa de andamiajes y lonas
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