El interior tiene mucha fuerza y una gran altura, hay puntos en los que los pilares alcanzan los veintisiete metros de altura. Sobria, seria, soberbia, se nota la influencia de Cluny.
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Interior de tres naves paralelas, otra crucera, cuyos extremos rebasan la línea de la planta, y la nueva girola rodeando el ábside central o primitivo semicircular, con exteriores contrafuertes. Las bóvedas son de crucería. Los recios pilares del crucero y sus elevados arcos torales, recuerdan la existencia de la linterna del siglo XIII derribada en el XV y rehecha de nuevo en nuestros días. Sobre los capiteles románicos de los pilares que dividen las naves se levantan empotradas haces de columnas góticas para recibir los arcos y bóvedas a gran altura. La antigua techumbre fue de maderas pintadas al estilo románico.
Los pilares presentan capiteles, todos ellos con decoración vegetal a base de volutas.
En uno de los absidiolos del templo conocido como capilla de Santo Tomas de Canterbury, se encuentra el singularísimo sepulcro de don Martín Vázquez de Arce, el Doncel de Sigüenza. Alejando cualquier sombra de tristeza funeraria el doncel aparece recostado leyendo un libro, esta datado en el año 1.485. Junto e este famoso sepulcro hay algunos más que conforman un conjunto funerario muy destacable.
Como no podía ser de otra manera también esta aquí enterrado su obispo fundador Don Bernardo de Agén, que tiene un bello aunque menos famoso sepulcro. Sin embargo tiene su lápida algo que al buen observador le llamará mucho la atención; ángeles, perro y sobre todo un Cristo crucificado, ¿ Y esa cruz ? efectivamente en una Tau, símbolo templario por excelencia. Mucho se ha especulado con la existencia de templarios en la zona, sobre todo en Albendiego, muy cercana. En el caso de nuestro obispo la Tau puede simplemente indicarnos que Don Bernardo era un Iniciado.
Pulsa sobre el crucificado y se ampliara la imagen